袋栽食用菌相比较瓶栽食用菌初期投入低，因此在现在主流工厂化方式为瓶栽的情况下，很多工厂还是采取了袋栽的方式。有优点就有缺点，袋栽食用菌最大的缺点就是染菌率不容易控制，关于袋栽食用菌如何降低染菌率，很容易想到和配方、接种、灭菌、培养等环节联系起来，往往忽视和菌袋的关系，实际生产中，直接或者间接因为菌袋原因导致的染菌几率会占到正常染菌率的30%左右。
1、合理的选择菌袋 要合理选择菌袋的材质和厚度，菌袋有聚丙烯和聚乙烯两种，根据栽培季节和地理位置选择，菌袋的厚度也很重要，菌袋太薄容易破损，菌袋太厚装袋效果不好，也不经济。
2、选择质量好的品牌菌袋 不要选择小厂生产的菌袋，特别不要选择不是专业生产菌袋的厂家，菌袋从外观上很难判断真实质量，特别是没有选购经验的朋友。因此，要选择生产菌袋多年，在食用菌行业内有一定知名度的品牌厂家生产的菌袋。
3、装袋时避免菌袋破损 装袋过程是对菌袋冲击最大的一个生产环节，首先要在设备上杜绝对菌袋造成的破损，其次是加强工人对减少菌袋破损的意识，要让工人意识到，菌袋破损了一定会造成污染。
4、周转、运输菌袋时避免菌袋破损 装袋后的菌袋进锅、出锅、接种、培养等环节都要尽可能的减少菌袋的破损，尽量使用周转筐、灭菌车、移动培养架等
5、装袋后减少用手接触菌袋 在生产中要注意尽量减少用手接触菌袋，当然有的环节是不可避免用手的，一定要注意在拿菌袋的时候，不要把菌袋按出“坑”，那样会导致凹陷部位形成空隙，增加染菌几率。